El grupo de trabajo de EED integra a los socios de AEG interesados en la fisiología y las enfermedades de numerosas enfermedades del tubo digestivo. Las principales entidades que han nutrido su desarrollo investigador son la patología péptica, la hemorragia digestiva, la infección por Helicobacter pylori, la enfermedad celiaca y la patología infiltrativa eosinofílica. También se han sumado iniciativas para el estudio de las lesiones preneoplásicas esófago-gástricas, las causticaciones digestivas y una miscelánea de trastornos menos frecuentes, con origen en el tubo digestivo. Quedan fuera de esta área la enfermedad inflamatoria intestinal, las técnicas endoscópicas, los procesos oncológicos y los desórdenes mayores de la motilidad, cada uno de los cuales posee un grupo de trabajo específico dentro de AEG. El grupo mantiene lazos estrechos con la Sociedad Española de Enfermedad Celiaca y colabora, compartiendo espacio y reuniones con el Grupo de Trabajo en Neurogastroenterología.
El grupo de Esófago-Estómago-Duodeno de AEG ha promovido estudios colaborativos nacionales e internacionales publicados en revista de alto impacto. Son especialmente relevantes aquellos vinculados al proyecto del Registro Europeo sobre Helicobacter pylori -HpEuReg- (https://www.aegastro.es/p/hpeureg/), y al más reciente sobre Esofagitis Eosinofílica -EoE CONNECT-, también de ámbito europeo. El primero de ellos ha dado lugar a decenas de comunicaciones científicas en reuniones de ámbito nacional e internacional, así como a más de 20 publicaciones científicas de elevado impacto, que pueden ser consultadas en la página web de AEG (https://www.aegastro.es/p/hpeureg/#hpeureg-publications). Ambos siguen abiertos en la actualidad, con nuevas iniciativas investigadoras. El Grupo promueve otros estudios colaborativos multicéntricos como el proyecto REiBECA (Registro Iberoamericano de lesiones por cáusticos) o el estudio CIE-2 (colitis isquémica en España), Se ha editado una Guía de Práctica Clínica sobre la Enfermedad por Reflujo Gastroesofágico en el adulto, que ha sido revisada en 2019 a través de un Documento de Actualización (https://www.aegastro.es/documents/pdf/REFLUJO-GASTROESOFÁGICO-1.pdf). Los coordinadores del grupo han participado en Conferencias de Consenso nacionales e internacionales para el diagnóstico y tratamiento del Helicobacter pylori y Esofagitis Eosinofílica, y otros integrantes del mismo han colaborado en las plataformas formativas AEGastrum (https://www.aegastro.es/p/aegastrum/) y PRODIGGEST (https://www.aegastro.es/p/prodiggest/) para la elaboración de protocolos asistenciales de manejo en diferentes patologías, en el ámbito de la Atención Primaria y Hospitalaria. Actualmente está proyectado un Máster en Enfermedad Celiaca en colaboración con SEEC.
El coordinador actual es Albert Martín Cardona. Los coordinadores previos fueron por orden cronológico inverso Ángeles Pérez-Aísa, Javier Molina-Infante, Javier Pérez-Gisbert, Xavier Calvet, Enrique Quintero, Javier Alcedo González y Pilar García Iglesias.
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